Ngày nay, theo nhiều quan điểm phân loại khác nhau thì ngành thông có khoảng 6-8 họ với khoảng 65-70 chi và 600-650 loài[2][3]. Bảy họ thường được công nhận như trong biểu đồ ở bên phải. Tuy nhiên, trong một vài diễn giải thì họ Cephalotaxaceae có thể được gộp trong họ Taxaceae, còn một số tác giả thì lại công nhận thêm cả Phyllocladaceae như là một họ độc lập với Podocarpaceae (trong biểu đồ này nó được gộp trong Podocarpaceae). Họ Taxodiaceae tại đây được coi là một phần của họ Cupressaceae, nhưng nó đã từng được công nhận rộng rãi trong quá khứ và có thể vẫn còn được ghi nhận trong nhiều sách hướng dẫn thực địa. Một hệ thống phân loại mới và trình tự tuyến tính dựa trên các dữ liệu phân tử có thể tìm thấy trong bài báo của Christenhusz và ctv (2011).[4]

Trong ngành Thông trước đây người ta phân thành 7 bộ, nhưng qua kiểm tra gen thì các bộ Taxales, Araucariales[5], và Cupressales[6] được xếp vào bộ Thông (Pinales). Bộ Thông cùng với 3 bộ khác là Cordaitales, Vojnovskyales và Voltziales tạo thành ngành Thông.